A si appaia con T (o U), G con C
Tiene uniti i due filamenti del DNA
L'appaiamento complementare delle basi è l'accoppiamento specifico delle basi azotate tramite legami a idrogeno. L'adenina si appaia con la timina nel DNA, o con l'uracile nell'RNA, tramite due legami a idrogeno, e la guanina con la citosina tramite tre. Ogni coppia unisce una purina a due anelli a una pirimidina a un anello, così la doppia elica del DNA mantiene una larghezza costante. Poiché un filamento determina la sequenza dell'altro, l'appaiamento delle basi permette di copiare il DNA durante la replicazione e di leggerlo durante la trascrizione.