Dwa końce łańcucha polipeptydowego
Wolna grupa aminowa vs. wolna grupa karboksylowa
Każdy łańcuch polipeptydowy ma dwa różne końce. N-koniec zawiera wolną grupę aminową (–NH₂) pierwszego aminokwasu, a C-koniec wolną grupę karboksylową (–COOH) ostatniego. Rybosomy budują białka od N-końca do C-końca, dołączając każdy nowy aminokwas do końca karboksylowego rosnącego łańcucha. Dlatego sekwencje aminokwasów zapisuje się i odczytuje w tym kierunku, a zwykle zaczynają się one od metioniny (M), kodowanej przez kodon startowy. Końce białka często niosą sygnały, na przykład sekwencję, która kieruje białko do organellum.