Les deux extrémités d'une chaîne polypeptidique
Groupe amine libre vs. groupe carboxyle libre
Chaque chaîne polypeptidique a deux extrémités distinctes. L'extrémité N-terminale porte le groupe amine libre (–NH₂) du premier acide aminé, et l'extrémité C-terminale le groupe carboxyle libre (–COOH) du dernier. Les ribosomes construisent les protéines de l'extrémité N-terminale vers l'extrémité C-terminale, en ajoutant chaque nouvel acide aminé à l'extrémité carboxyle de la chaîne en croissance. Les séquences d'acides aminés sont donc écrites et lues dans ce sens, et commencent généralement par la méthionine (M), codée par le codon d'initiation. Les extrémités d'une protéine portent souvent des signaux, par exemple une séquence qui dirige la protéine vers un organite.